色々調査

SATA2のAHCIモードについて

GA-M55plus-S3GではBIOSに設定は存在しない。が、デバイスマネージャでプロパティを確認するとEnable command queuingにチェックが付いている(NCQ有効)ので、AHCIは有効になっていると考えてよさそう。
nForce系は後からドライバで有効にできるので、インストール時にドライバ入れたりとかの考慮はいらないらしい。

Cool'n'QuietとSmartFanについて

CnQはCPUの周波数と電圧を変える機能、SmartFanは温度に対してFanの回転数を制御する機能。よって、競合はしない。勘違いしてた。